機關部門

• 黨政辦公室
• 黨委組織部（含黨委黨校）
• 黨委宣傳部（含新聞中心）
• 黨委統戰部
• 紀委辦公室·巡察辦·監察處
• 黨委政保部·公安處·保衛處
• 黨委教師工作部·人事處·人才辦
• 離退休工作部門黨委·離退休處
• 職能部門黨委
• 本科生院
• 研究生院
• 一流大學建設辦·學科建設辦
• 學生工作部·武裝部
• 科學技術處（鄉村振興辦公室）
• 心理健康咨詢服務中心
• 社會科學處
• 國際合作與交流處
• 財務管理處
• 資產與實驗室管理處
• 審計處
• 基建處
• 校團委
• 校工會（含社區辦）

教學科研單位

• 文學院
• 歷史與檔案學院
• 馬克思主義學院
• 民族學與社會學學院
• 政府管理學院
• 工商管理與旅游管理學院
• 經濟學院
• 法學院
• 外國語學院
• 新聞學院
• 藝術與設計學院
• 昌新國際藝術學院
• 體育學院（含足球學院）
• 漢語國際教育學院
• 職業與繼續教育學院
• 民族政治研究院
• 國際關系研究院
• 高等教育研究院
• 數學與統計學院
• 物理與天文學院
• 化學科學與工程學院
• 地球科學學院
• 生態與環境學院
• 生命科學學院
• 醫學院
• 信息學院
• 軟件學院
• 建筑與規劃學院
• 材料與能源學院
• 古生物研究院
• 生物醫藥研究院
• 國際河流與生態安全研究院
• 資源植物研究院
• 云南生物資源國家重點實驗室
• 自然資源藥物化學重點實驗室
• 天文研究所

直屬附屬單位

• 學生就業指導服務中心
• 學生公寓管理中心
• 信息技術中心
• 校友總會
• 圖書館
• 檔案館·黨史校史研究室
• 云南大學校史網
• 《思想戰線》編輯部
• 文科學報編輯部
• 理科學報編輯部
• 《云南地理環境研究》編輯部
• 出版社
• 后勤服務集團
• 投資管理公司
• 云南大學附屬中學
• 教育基金會
• 校醫院
• 附屬醫院